Заповедник расположен на северо-западных отрогах Восточных Саян, граничащих со Среднесибирским плоскогорьем. Естественными рубежами охраняемой территории являются правые притоки р. Енисей: на северо-востоке — река Базаиха, на юге и юго-западе — реки Мана и Большая Слизнева. С северо-востока территория граничит с г. Красноярском, до границы заповедника можно добраться на автобусе. Заповедник основан в 1925 году по инициативе жителей города для сохранения природных комплексов вокруг живописных сиенитовых останцев — «столбов». В настоящее время его площадь — 47 219 га. Представлен к Списку Фонда всемирного наследия ЮНЕСКО.